もはやだれも見てないというか，自分すら見てないのだが，検索等でひっかかることを期待して．
今年春くらいから，SDS-PAGEのバンドが微妙にゆがむようになった．いろいろ相談したり調べたりしていたんだけど，バンドのゆがみというと，スマイリングかタンパクのせすぎで凹型になるか，塩濃度が高くて〜型（M型）になるという件がメジャーで，関連する情報は多くあるのだけど，自分の事例とは一致していなかった．
自分の事例というのは，逆凹型のゆがみ．あるいは，各レーンの両端だけ早く泳動されているようなバンドが出現するというもの．
似た事例として，サンプルにtweenが共存すると，そのようなゆがみが出るという噂があり，たまたまそのときtweenが残存する可能性のあるサンプルを扱っていたことと，いろんな締め切りの忙しさもあって，気持ち悪さを抱えたまま放置していた．
で，いくつか仕事が片付いたので，とりあえず試薬を作り直してみようと思って，バンドの件を調べていたときに目についたSDSの劣化（分解による水溶液の酸性化）を見てみた．すると，かなり（pH4くらい）になっていた．
あわてて新品を発注しつつ，上司に確認するともう10年ほど使っている瓶とのこと．たしかに溶けにくい感はあった．
で，このときはひょっとすると，バンドのゆがみの原因かもしれない，であったらいいな，程度に思っていたのだけど，この件をキーワードに検索をかけてみると，完全に一致する情報が出てきた．もうリンクの作法とか忘れたのでリンクはしないけれども，情報をあげてくださっている方がおられて，非常に助かった．
で，まだ自分のところでの結果は確認していないのだけれども，感謝を込めて本件を記録しておく．
#追記 新しいSDSでつくった水溶液は中性であり，これを使って作った泳動バッファー，ゲルを使用するとバンドのゆがみが改善することを確認した．
● SDSの劣化が原因となって，バンドがゆがむことがある．
● その際には逆凹型のゆがみ．あるいは，各レーンの両端だけ早く泳動されているようなバンドが出現することがある．
2 件のコメント:
ゲノム抽出用に1%SDS入りのバッファーを調整したところ、何時まで経ってもSDSが溶解せず、高温で溶解させても室温で再結晶する他、泡立ち方も前ラボで調整した時と明らかに異なり頭を悩ませていました。
この記事を読みラボのSDSを純水に1%溶かしてpHを測った所、なんとpH2.5でした…
調べると9年前に使いかけの状態で入庫した記録が… 早速SDSを買い直して再調整しようと思います。
お陰様でトラブルシューティングできました！ありがとうございます！
コメントありがとうございます．確か溶けなくもなっていたよなぁと懐かしく思い出しました．少しでもお役に立てていれば幸いです．
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